Topography of Terror gaat terug tot de tijdelijke tentoonstelling met dezelfde naam, die in 1987 in Berlijn in de open lucht werd geopend op de plaats van de gebouwen van de Gestapo, SS en SD die tot aan de stichting waren verwoest. De behoefte aan een dergelijke permanente tentoonstelling werd al snel duidelijk. Begin jaren negentig werd een architectuurwedstrijd uitgeschreven voor het ontwerp van een informatiecentrum, dat werd gewonnen door Peter Zumthor. Zijn gebouw zou in 1998 open gaan, maar de bouw werd belemmerd door de grote complexiteit van het ontwerp van de Zwitserse architect. De kosten stegen, de aannemer ging failliet, er was geen vervanger voor hem - als gevolg daarvan stopte het werk.
Er werd besloten om terug te keren naar de Tabula rasa-versie, een "blanco lei", wanneer bezoekers gewoon worden uitgenodigd om kennis te maken met informatiestands, zoals in 1987. De Berlijnse senaat verwijderde Peter Zumthor uit het project en de sloop van drie trappenhuis- en liftknooppunten die al volgens zijn plan waren gebouwd, werd aangekondigd.
Sloop is echter niet goedkoop en daarom ontvingen architecten Kleyer Koblitz Winkelmüller een 'tegenproject' waarin werd aangetoond hoe bestaande betonconstructies kunnen worden behouden door ze in een nieuwe structuur op te nemen. Volgens de auteurs is het noodzakelijk om hun gebruik in het project een essentieel onderdeel te maken van de taak van de nieuwe wedstrijd. Een dergelijke oplossing zou niet alleen budgettaire middelen besparen, maar zou ook een startpunt worden voor originelere opties dan Tabula rasa.
