Het museumcomplex is een gereconstrueerde energiecentrale uit het begin van de 20e eeuw, een bakstenen structuur met neoklassieke stucversiering, waarin de kristallijne vormen die kenmerkend zijn voor Libeskind zijn ingebed. Van buitenaf lezen ze als kubusvormige en langwerpige blauwe roestvrijstalen volumes die uit de vloeren van het gebouw steken. Ze hebben de vorm van twee letters van het Hebreeuwse alfabet - "hoed" en "iod", die samen het motto vormen van Libeskinds project L'Chaim, wat "tot leven" betekent. Ze zijn echter alleen leesbaar als je van bovenaf naar het gebouw kijkt, dat onbereikbaar is voor de gemiddelde bezoeker van het museum.
In de lobby van het museum is de muur tegenover de ingang bekleed met gemarkeerde reliëflijnen die het woord "pardes" vormen, wat "Tuin van Eden" betekent, en ook de vier niveaus van begrip van de Torah symboliseert. Maar ook dit element van het project wordt moeilijk waargenomen door de scherpe bochten in de lobbyruimte.
Op het hoofdgebouw - de eerste laag van het complex - is er ook een auditorium (op het plafond waarvan een kaart van het Heilige Land abstract is afgebeeld), een educatief centrum en galerijen. Op de tweede verdieping zijn er administratieve gebouwen, evenals een tentoonstellingshal met dezelfde naam ingeschreven in een enorme kubus met de letter "jodium", verlicht door 36 veelhoekige ramen.
Libeskind benadrukt zelf het verschil tussen het gebouw in San Francisco en zijn Joodse musea in de Oude Wereld: het Californische gebouw heeft niet het stempel van de Holocaust-catastrofe, die noodzakelijkerwijs aanwezig is in zijn Europese projecten. Desalniettemin is de taal van de architectuur van Libeskind hetzelfde gebleven: de scherpe, onderbroken lijnen die voorheen de historische tragedie symboliseerden, zouden nu de "hemelhutten" moeten vertegenwoordigen van een bloeiende Joodse diaspora aan de Pacifische kust.
