Oostenrijkse architecten wonnen in 2001 een wedstrijd voor dit project en de implementatie ervan was niet eenvoudig: het bouwproces werd twee jaar onderbroken en de eerste fase omvatte uitsluitend de bouw van een paalfundering (de totale lengte van de heipalen was 536 m). Ze waren nodig, want het museum was gebouwd op een zwakke kustbodem - aan de samenvloeiing van de Rhône en de Sona. Confluence vertaalt zich naar "samenvoegen"; het is ook de naam van het hele gebied naast de "pijl" (punt de samenvloeiing, "punt van samenvloeiing").
Het museum is een belangrijk gebouw op stadsschaal: door zijn prominente ligging is het een ‘vuurtoren’ en een symbool van de hele nieuwe wijk Confluence - een voormalig schiereiland van de industriële zone nabij het centrum van Lyon, dat nu wordt opgebouwd met culturele instellingen, kantoor- en woongebouwen ontworpen door vooraanstaande architecten.
Het gebouw Coop Himmelb (l) au ligt aan drukke voetgangersroutes, daarom wordt het gebouw boven de grond opgetild om de verplaatsing van de burger niet te belemmeren, met daaronder een "plaza" met een eetgelegenheid..
Het Confluence Museum bestaat uit drie delen. De "plint", waarop het eerder genoemde "plaza" is gelegen, herbergt twee auditoria (respectievelijk voor 327 en 122 zitplaatsen), lokalen voor leerlingen van nabij gelegen scholen, bergingen en werkplaatsen, vergaderruimten. Glazed Crystal is een lobby met een spiraalvormige hellingbaan, trappen en liften, en een boekwinkel. Het derde en belangrijkste volume is een RVS "Cloud" met een draagconstructie zoals een brug. Er zijn 9 zalen (4 voor permanente en 5 voor tijdelijke tentoonstellingen) en "openbare" werkplaatsen; op de bovenste verdieping bevinden zich de administratiekantoren en op het dak een café en zonnepanelen. De 'vliegende' draagarmen van het gebouw zijn geïnspireerd op zij aan zij samenvloeiende waterstromen.
Het projectbudget was 185 miljoen euro (3980 euro per vierkante meter).
