Het gebouw met een totale oppervlakte van 64.000 m2 staat in een druk stadsdeel - naast het stadsstation. Deze nabijheid zorgde echter voor moeilijkheden voor de architecten: er is niet veel ruimte, dus het stadhuis hangt gedeeltelijk boven het station, bovendien moesten beide gebouwen toegankelijk zijn vanaf het "plateau" dat de spoorlijnen en perrons blokkeert. Daarnaast was er op het maaiveld een bus- en lightrailknooppunt, dat ook door bureau Kraaijvanger moest worden omzeild.
Hierdoor wordt het podium van het gemeentehuis Utrecht (dit zijn de 3 lagere bovengrondse lagen) ingenomen door parkeer- en technische lokalen en daarboven begint een openbaar gebied gegroepeerd rond een atrium met een lobby. De hoofdingang van het stadhuis is vanaf de 'centrale boulevard' die tot het podium is opgetrokken en die de twee delen van de stad met elkaar verbindt, doorsneden door spoorwegen.
De vijf openbare lagen rond het atrium zijn iets verschoven ten opzichte van elkaar, wat extra perspectieven creëert en de ruimte verlevendigt. De architecten probeerden de verwachte associatie van hun grootschalige constructie met het "bolwerk van de bureaucratie" te vermijden, dus vulden ze het met licht en lieten ze de bovenste kantoorverdiepingen visueel aansluiten op de onderste die openstaan voor de stedelingen. Beneden is er ook een wintertuin met subtropische planten en een "raam" van 4 verdiepingen.
Het atriumgedeelte van het gebouw verdeelt de site met het treinstation. Daarboven is een bredere rechthoekige "laag", die vervolgens wordt verdeeld in twee torens. Het aantal kolommen is bewust teruggebracht, zo wordt de zuidtoren ondersteund door slechts drie pijlers. Ruimtes die de gevels uitsnijden, verlevendigen hun rechthoekige raster.
Het diepe plan van het stadhuis vereiste de bouw van talrijke “nissen”, atria, binnenplaatsen en openbare ruimtes met verhoogde plafonds (op de 6e, 11e en 21e verdieping) om alle ruimtes van natuurlijk licht te voorzien. De resulterende lay-out, die voor elke verdieping anders is, doorbreekt het gebruikelijke idee van een administratief gebouw als een reeks gezichtsloze typische verdiepingen met dezelfde gezichtsloze ambtenaren in talloze kantoren.
