Het project begon in 2001: in 1999 werd de controle over het Panamakanaal overgedragen van de Verenigde Staten aan de Panamese autoriteiten, en tegelijkertijd rees de vraag over het nieuwe gebruik van de aangrenzende gebieden. Een van de secties - voorheen bezet door de Amerikaanse vliegbasis - werd bestemd voor een museum. De bouw begon in 2006, maar het was pas begin oktober dat Biomuseo voor het publiek openging - hoewel nog niet volledig: verschillende hallen en een aquarium zullen pas in de winter van 2016 klaar zijn.
Met zijn kleurrijke aluminium dak moet het museum doen denken aan de levendige natuur van Panama, de metalen daken van lokale hutten en de historische structuren van de kanaalinfrastructuur. Gelegen op een smal schiereiland dat uitsteekt in de baai, is het gebouw al van ver zichtbaar en biedt het zijn bezoekers een panoramisch uitzicht over de stad en de Pacifische "monding" van het Panamakanaal.
De duur van de bouw van het museum, door de lokale bevolking bijgenaamd 'het museum dat nooit zal worden voltooid', wordt onder meer verklaard door de lage kwalificaties van lokale bouwers. Het ruwe beton van de vloeren en muren moest vele malen opnieuw worden gestort en ook het dak met toleranties van 6 mm leverde veel problemen op.
Nu is het museum echter niet alleen succesvol gebouwd, maar ook bijna volledig gevuld met de tentoonstelling "The Bridge of Life", ontworpen door Bruce Mau. Het Smithsonian Institution in Washington was verantwoordelijk voor de wetenschappelijke kant van het project en Biomuseo werd het enige partnermuseum buiten de Verenigde Staten.
Het museum is gewijd aan de verbazingwekkende natuurlijke diversiteit van de landengte van Panama: met een oppervlakte van 75.000 km2 herbergt het meer soorten vogels, zoogdieren, reptielen en planten dan in de Verenigde Staten en Canada samen. Bovendien vertelt de expositie in detail over het proces van de landengteformatie, dat 12 miljoen jaar geleden begon en 3 miljoen jaar geleden eindigde. Het uiterlijk veranderde ecosystemen en klimaat op planetaire schaal: in plaats van een enkele oceaan ontstond er een heel andere Atlantische en Stille Oceaan, de Golfstroom 'begon' vanuit de opkomende Caribische Zee, en Noord- en Zuid-Amerika verenigden zich voor het eerst in 70 miljoen jaren. Een actieve migratie van dieren begon langs de landengte en relatief recent, 15.000 jaar geleden, passeerden de eerste mensen deze route van noord naar zuid.
Biomuseo, dat $ 95 miljoen kostte (de kosten van nog niet voltooide tentoonstellingshallen niet meegerekend), is in de eerste plaats bedoeld voor schoolkinderen (het is de bedoeling om 40.000 studenten per jaar daarheen te brengen voor gratis excursies) en voor toeristen, aangezien de cruiseschipterminal is heel dichtbij. Idealiter verwachten de autoriteiten het "Bilbao-effect" van het museum. Volgens hun plan zou het hetzelfde symbool moeten worden van Panama-stad en Panama-land, dat Utson's Opera House werd voor Sydney en Australië.
