Het Naturalis Biodiversity Center is de erfgenaam van het Natuurhistorisch Museum, opgericht in opdracht van Koning Willem I van Nederland in 1820 en heeft sindsdien verschillende transformaties ondergaan, waarvan de belangrijkste begin 2010 plaatsvond: het Zoölogisch Museum van de Universiteit van Amsterdam en het Nationaal Herbarium, een van de grootste ter wereld. Als gevolg hiervan is een onderwijs- en onderzoekscentrum ontstaan, waarvan de collectie (42 miljoen items) een van de vijf grootste natuurwetenschappelijke collecties ter wereld is.
Tegelijkertijd groeide de populariteit van "Naturalis" onder het grote publiek alleen maar, met 400.000 mensen daar per jaar, dus het gebouw dat in 1998 werd geopend, moest snel worden uitgebreid en herbouwd. De architecten van Neutelings Riedijk hebben in het centrum een ruim atrium geplaatst dat het bestaande opslag- en administratiegebouw verbindt met het nieuwe museum en moderne laboratoria voor meer dan 200 onderzoekers. De totale oppervlakte van de instelling is 38.000 m2, waarvan 18.000 m2 wederopbouw en 20.000 nieuwbouw.
De gevel van het atrium is een betonnen siersamenstelling van ovalen en driehoeken, die doet denken aan de structuur van moleculen. Hetzelfde patroon wordt op de vloeren geplaatst. Binnenin is het bekleed met rode travertijn, afgewisseld met 263 betonnen panelen ontworpen door modeontwerpster Iris van Herpen. Het witte beton heeft de zachtheid van zijde gekregen om de futuristische jurken van van Herpen op te roepen en de patronen zijn geïnspireerd op items uit de Naturalis-collectie. Dezelfde gestreepte structuur staat op de gevels van het gebouw.
Samen met de glanzende kristallen van travertijn wekken de witte panelen de indruk van contrasterende rotslagen. De gelijkenis wordt versterkt door het padachtige taps toelopende pad door het atrium - van de tentoonstellingshal en laboratoria op de begane grond naar de galerijen op de bovenverdieping.
Ook het atrium is versierd met werken van ontwerper Tord Boontje. Meestal houdt hij zich bezig met meubels, lampen en patroonstoffen, en voor Naturalis heeft hij bijna honderd wandpanelen gemaakt "over de wonderen van de natuur", waarin grafische en fotomotieven worden gecombineerd.
